高純氮氣發生器的工作原理是分離空氣，電解膜的負極側發生氧化反應，吃掉空氣中的氧化性氣體，在正極側還原，空氣流過電解池后就只剩下氮氣和惰性氣體，故國內發生器的純度大多標有“相對含氧量”，氮氣的純度和空氣流速，有效分解面的長度，氮氣發生器電解電勢的強弱都有關系，這種分離方法也決定了氮氣的純度不可能做的很高。加入電解質的作用就是提高水的導電率，使電化學反應能順利進行。

　　高純氮氣發生器務必進行周期性的維護，主要包括冷凝水的排放及定期更換氣體過濾裝置。由于氮氣發生器以環境空氣作為氣體來源，所以其它過濾裝置必須定期更換，否則過濾裝置失效后，會把環境空氣中的有機污染物通過干燥氣和霧化器進入質譜，嚴重影響儀器性能，降低靈敏度和重現性。使用氮氣發生器的用戶，強烈建議每半年到一年更換干燥氣的氣體凈化管。